Creado en el 2001, posee doble dependencia: el Instituto de Arqueología y Museo (IAM), Fac. Cs. Naturales e IML-UNT, y el Instituto Superior de Estudios Sociales (ISES-CONICET). El mismo cuenta con personal técnico especializado en el procesamiento y análisis de muestras provenientes de sitios arqueológicos, brindando estos servicios a investigadores, de docentes y terceros.
Las principales líneas de evidencias son de índole Paleoetnobotánica, Arqueobotánica y de caracterización de materiales. Las investigaciones Arqueológicas y Ambientales con énfasis en la agricultura prehispánica, delimitación de territorios campesinos, crisis agrícolas y detección de cortos períodos de cambios ambientales; sobre usos domésticos de las plantas, procesamiento de alimentos, uso de herramientas e instrumentos de molienda, cosecha y cocción a partir de residuos y tártaro dental.
El laboratorio cuenta con distintas áreas de trabajo: procesamiento, físico-química, conservación, cuarentena y microscopia. En el área de procesamiento se recupera, a través de protocolos establecidos, un conjunto de microfósiles procedentes de  muestras de sedimento y agua, raspado de artefactos líticos, cerámica, tártaro dental y colección de referencia.
En el área de microscopia se realiza el análisis de microfósiles: Fitolitos, Diatomeas, Almidones, granos de Polen, Microcarbones, anillos de Celulosa, esporas de Hongos, esporas de Pteridophytas, escamas de Insectos, Crisofíceas, espículas de Esporangios, etc.; bajo microscopio petrográfico se registra e identifica el conjunto de microfósiles en la muestra arqueológica y la interpretación se realiza en un espacio de conversación con el investigador de referencia.